Gennady Obaturov sinh ngày 9 tháng 1 năm 1915 (tức 27 tháng 12 năm 1914 trong lịch Nga cũ) ra trong một gia đình nông dân ở làng Maloe Zarecheno, thuộc quận Slobodsky, tỉnh Vyatka, Đế quốc Nga (nay là huyện Nagorsky, tỉnh Kirov, Liên bang Nga). Ông sinh trưởng trong một gia đình có năm anh chị em.

Trong Thế chiến thứ nhất, cha ông bị động viên vào Quân đội Đế quốc Nga và tử trận năm 1916 tại mặt trận. Vào khoảng đầu thập niên 1920, mẹ ông qua đời, các anh chị em ông tự mình lao động trong các nông trang. Bản thân Gennady cũng bắt đầu làm việc trên đồng từ năm 9 tuổi.

Năm 1930, ông tốt nghiệp chương trình trung học 7 năm của trường nông trang thanh niên. Năm 1933, ông tốt nghiệp trường Cao đẳng Hợp tác xã Gorky. Sau khi tốt nghiệp, ông làm việc tại thành phố Vyatka với tư cách là giám đốc sản xuất của bộ phận phục vụ của hợp tác xã công nhân đô thị.